Há 6 mil anos, as ruínas eram terras emersas, ligadas ao continente. A elevação do nível dos mares ao longo de eras fez submergir territórios como os da costa de Yonaguni. Há especulações sobre a "identidade" da civilização sepultada naquelas águas. Muitos falam em Atlântida mas, se parte de uma "civilização perdida" repousa no leito daquele mar então o mais certo é que seja a Lemúria ou Mu, ainda mais antiga, chamada pelos esotéricos de civilização da Terceira Raça.
Ao longo de mais de uma década de explorações, mergulhadores já haviam localizado nada menos do que oito grandes estruturas feitas pelo homem, incluindo um enorme platô com mais de 200m de comprimento, uma pirâmide no mesmo estilo das aztecas e maias (constituídas de 5 andares e alinhadas de acordo com pontos cardeais), bem como um conjunto completo de zigurates, demarcando áreas e regiões específicas no platô. Assim como são “coincidências” o fato das pirâmides do Egito estarem alinhadas com a constelação de Orion (Osíris), as pirâmides encontradas na China alinharem perfeitamente com a constelação de Gêmeos, os Templos astecas de Tecnochtitlan estarem alinhados com a constelação de Urso, Angkor Wat (aqueles templos que a Lara Croft explora no Cambodja) estarem alinhados com a constelação do Dragão e assim por diante...
